几天后，李毓昌的叔叔李泰清前来省亲，得知侄儿暴亡，颇感蹊跷，收拾遗物时，瞧见衣服上有血迹，更是怀疑，于是暗中查访，风闻李毓昌是被人谋害，随即奔赴上京鸣冤。
都察院闻讯具奏皇上。嘉庆帝命山东巡抚吉念将李毓昌灵柩运送至济宁重新检验。棺木打开后，只见李毓昌口内留有血痕，全身皮肤乌黑，确系中毒而死。验毕，具奏朝廷。
朝廷下令立即捕捉李祥等几位仆人审讯,众人供出是知县王伸汉嘱咐他们,趁李毓昌饮酒口渴之时于茶中投毒，然后给其脖子上系上绳子以伪装成上吊自缢的假象。
拷问得实，嘉庆帝大怒，以为几位仆人歹毒之极，旷世未有，罪不容赦,当即下令将他们凌迟处死。
在杯中亲自下药的李祥，本来是李毓昌的佣人，先解至李毓昌坟上，重刑后剖腹剜心以祭奠其主人。王伸汉被斩首后枭首示众。
淮安府知府王毂，检验尸体马虎草率，并有受贿情状，一同斩决。其余凡参与虚报灾民人数，隐瞒知情不报者，一律逮捕，据情节轻重定罪。
嘉庆帝特追赠李毓昌为知府，其继子李希佐，钦赐举人，可直接参加上京科举考试。远赴上京检举揭发李毓昌被害案的叔叔李泰清，特被赏为武举人,以示褒扬。
没过多久，嘉庆帝又专门写了一首五言排律，共三十韵，来表彰李毓昌的刚直忠廉，以诗歌形式将李毓昌的事迹颁诏天下，享誉四方。：wbshuku